Schița de curs

I. Introducere și preliminarii

1. Prezentare generală

    Faceți R mai prietenos, R și GUI-uri disponibile Rstudio Software și documentație înrudite R și statistici Utilizarea interactivă a R O sesiune introductivă Obținerea de ajutor cu funcții și caracteristici Comenzi R, diferențiere între majuscule și minuscule, etc. un fișier Permanența datelor și eliminarea obiectelor Good practica de programare: scripturi autonome, lizibilitate bună de exemplu scripturi structurate, documentație, pachete de instalare cu reducere; CRAN și Bioconductor

2. Citirea datelor

    Fișiere Txt (read.delim) Fișiere CSV

3. Manipulari simple; numere și vectori + tablouri

    Vectori și atribuire Aritmetică vectorială Generarea de secvențe regulate Vectori logici Valori lipsă Vectori de caractere Vectori index; selectarea și modificarea subseturilor unui set de date Arrays
Indexarea matricei. Subsecțiuni ale unui tablou
  • Matrice index
  • Funcția array() + operații simple pe tablouri de exemplu înmulțire, transpunere
  • Alte tipuri de obiecte
  • 4. Liste și cadre de date
  • Liste Construirea și modificarea listelor Concatenarea listelor

      Cadre de date Realizarea de cadre de date
    Lucrul cu cadre de date
  • Atașarea listelor arbitrare
  • Gestionarea căii de căutare
  • 5. Manipularea datelor
  • Selectarea, subsetarea observațiilor și variabilelor Filtrarea, gruparea Recodarea, transformările Agregarea, combinarea seturilor de date Formarea matricelor partiționate, cbind() și rbind() Funcția de concatenare, (), cu tablouri Manipularea caracterelor, pachetul stringr introducere scurtă în grep și regexpr
  • 6. Mai multe despre Citirea datelor

      Cititor de fișiere XLS, XLSX și pachete readxl SPSS, SAS, Stata,... și alte formate de date Exportarea datelor în txt, csv și alte formate

    6. Grupare, bucle și execuție condiționată

      Expresii grupate Instrucțiuni de control Execuție condiționată: instrucțiuni if Execuție repetitivă: pentru bucle, repetare și while intro în apply, lapply, sapply, tapply

    7. Funcții

      Crearea funcțiilor Argumente opționale și valori implicite Număr variabil de argumente Domeniul de aplicare și consecințele acestuia

    8. Grafică simplă în R

      Crearea unui grafic Diagrame de densitate Diagrame cu puncte Diagrame cu bare Diagrame cu linii Diagrame circulare Diagrame cu case Diagrame cu dispersie Combinarea graficelor

    II. Analiza statistică în R

      1. Distribuții de probabilitate

    R ca set de tabele statistice Examinând distribuția unui set de date

    2. Testarea ipotezelor

      Teste despre o populație Testul raportului de probabilitate medie al populației Teste cu unul și două eșantioane Testul Chi-pătrat GoTestul de potrivire Kolmogorov-Smirnov Statistică dintr-un singur eșantion Testul Wilcoxon cu rang semnat Testul cu două eșantioane Testul Wilcoxon Suma de rang Mann-Whitney Testul Kolmogorov-Smirnov Test

    3. Testarea multiplă a ipotezelor

      Eroare de tip I și curbe FDR ROC și proceduri de testare multiple AUC (BH, Bonferroni etc.)

    4. Modele de regresie liniară

      Funcții generice pentru extragerea informațiilor despre model Actualizarea modelelor montate Modele liniare generalizate Familii Funcția glm()

    Clasificare Regresie logistică

      Analiza liniară discriminantă
    Învățare nesupravegheată Analiza componentelor principale
  • Metode de grupare (k-medii, grupare ierarhică, k-medoizi)
  • 5. Analiza supraviețuirii (pachet de supraviețuire)
  • Obiecte de supraviețuire în r Estimare Kaplan-Meier, test de rang logaritmic, regresie parametrică Benzi de încredere Analiză de date cenzurată (interval cenzurat) Modele Cox PH, covariate constante Modele Cox PH, covariate dependente de timp Simulare: Comparație de modele (compararea modelelor de regresie)
  • 6. Analiza varianței
  • ANOVA unidirecțional Clasificare bidirecțională a ANOVA MANOVA
  • III. Probleme lucrate în bioinformatică

      Scurtă introducere în pachetul limma Flux de lucru pentru analiza datelor microarray Descărcare de date din GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Procesarea datelor (QC, normalizare, expresie diferențială) Graficul vulcanului Exemple de custering + hărți termice
      28 ore
     

    Numărul de participanți


    Dată început

    Dată sfârșit


    Dates are subject to availability and take place between 09:30 and 16:30.
    Open Training Courses require 5+ participants.

    Mărturii (9)

    Cursuri înrudite

    Categorii înrudite