Mulțumim pentru trimiterea solicitării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Mulțumim pentru trimiterea rezervării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Schița de curs
Introducere în Genomica Microbiană și Metagenomica
- Prezentare generală a genomicei microbienne și metagenomice
- Tehnologii de secvențare și designuri tipice ale studiilor
- Formate de fișiere cheie și organizarea datelor
Control Calitativ și Preprocesare
- Evaluarea calității citirilor și taierile necesare
- Eliminarea gazdei și ecranearea contaminanților
- Normalizarea citirilor și considerațiile ulterioare
Metode de Profilare Taxonomică
- Profilare bazată pe markeri cu MetaPhlAn
- Metode de clasificare și k-mer cu Kraken2 și Bracken
- Compararea ieșirilor de profilare și vizualizare
Asamblarea Metagenomică și Binning (prezentare generală)
- Strategii de asamblare și utilizarea SPAdes
- Concepte de binning pentru contiguri și instrumente comune (prezentare scurtă)
- Evaluarea calității și completitudinii asamblării
Anotarea Genomului și MLST
- Anotarea genomelor cu Prokka
- Realizarea MLST și interpretarea tipurilor de secvențe
- Generarea rapoartelor pentru împărtășirea rezultatelor
Detectarea SNP și Filogenetică
- Fluxuri de lucru bazate pe mapping pentru detectarea SNP cu Snippy
- Construirea arborilor filogenetice cu IQ-TREE
- Vizualizarea și interpretarea arborelui cu iTOL
Rezistența la Antimicrobiene și Profilare Funcțională
- Detectarea genelor de rezistență la antimicrobiene cu AMRFinderPlus, CARD și ResFinder
- Profilare funcțională și sumarizarea căilor metabolice
- Raportarea rezistenței la antimicrobiene și anotărilor funcționale
Fluxuri de Lucru Reproducibile și Prinicipele de Bază
- Utilizarea Conda, Docker și șabloane de pipeline pentru reproducibilitate
- Gestionarea datelor, standarde de metadata și principiile FAIR
- Scalarea analizelor cu resurse cloud și cărți de lucru (notebooks)
Studii de caz și Laboratoare Practice
- Analiza ampliconilor 16S/18S de la citirile brute la tabelul taxonomic
- Profilare metagenomică și analiză comparativă între probele de eșantionare
- Asamblarea genomului, anotarea, filogenie SNP și raportarea rezistenței la antimicrobiene
Rezumat și Următoarele Pași
Cerințe
- Familiarizare cu concepte biologice de bază precum ADN și gene
- Se recomandă familiaritatea cu utilizarea unei interfețe de linie de comandă
- Înțelegere basică a conceptelor de secvențare și formatele fișierelor (FASTQ, FASTA)
Audiență
- Microbiologii
- Cercetători academici
- Personal de cercetare și savanți din industrie interesați de genomica microbilă
21 ore
