Curs de pregatire Fiji: Procesare de imagini pentru biotehnologie și toxicologie

Introducere în Fiji și ImageJ

• Prezentarea generală a Fiji și a aplicațiilor sale în cercetarea științifică
• Înțelegerea arhitecturii ImageJ și a plugin-urilor sale
• Instalarea și configurarea Fiji pentru o performanță optimă

Tehnici de bază de procesare a imaginilor

• Achiziția imaginilor și formatele de import
• Ajustarea contrastului, luminozității și aplicarea filtrelor
• Crearea stack-urilor de imagini și metode de proiecție

Analiză avansată a imaginilor

• Tehnici de segmentare: thresholding și detectarea marginilor
• Numărarea obiectelor și analiza particulilor în mostre histologice
• Măsurarea suprafețelor, perimetrelor și a altor caracteristici morfologice

Lucrul cu mostre biologice

• Procesarea imaginilor țesuturilor histologice, celulelor sanguine și algelor
• Deconvoluția culorilor și analiza țesuturilor colorate
• Analiza time-lapse și urmărirea mișcării celulelor

Automatizare și personalizare

• Crearea și rularea macro-urilor pentru sarcini repetitive
• Utilizarea plugin-urilor Fiji pentru analize specializate
• Scripting de bază cu ImageJ Macro Language (IJM)

Gestiunea datelor și rapoartele

• Exportarea rezultatelor și generarea de rapoarte
• Anotarea imaginilor și pregătirea datelor pentru publicare
• Bunele practici pentru o analiză reproductibilă a imaginilor